นอกจากการดำเนินงานด้านการบำบัดรักษาผู้ติดยาและสารเสพติดแล้ว สถาบันธัญญารักษ์ได้มุ่งเน้นพัฒนางานด้านวิชาการ ศึกษา วิเคราะห์ วิจัยและพัฒนาองค์ความรู้และเทคโนโลยีทางการแพทย์เฉพาะทางเวชศาสตร์การเสพติด ศึกษาและพัฒนารูปแบบการบำบัดรักษา พัฒนาหลักเกณฑ์มาตรฐานการบำบัดรักษาและการประเมินเทคโนโลยี เพื่อถ่ายทอดความรู้เวชศาสตร์การเสพติด รูปแบบการบำบัดรักษา ให้คลินิก และสถานพยาบาลยาเสพติดทั่วประเทศ และในปี พ.ศ. 2549 นายแพทย์วิโรจน์ วีรชัย ผู้อำนวยการสถาบันธัญญารักษ์ ได้รับคัดเลือกเป็นสมาชิกผู้เชี่ยวชาญด้านยาเสพติดขององค์การอนามัยโลก (WHO Expert Advisory Panel on Drug Dependence) ซึ่งเป็นคนไทยคนที่สาม ที่ได้รับคัดเลือกเป็นสมาชิก

พ.ศ. 2551 ได้มีการพัฒนาและรับรองคุณภาพของสถานบำบัดรักษายาเสพติดทุกระบบทั้งสมัครใจ, บังคับบำบัดและต้องโทษให้ครอบคลุมทั่วประเทศ สถาบันธัญญารักษ์ เป็นเจ้าภาพในการดำเนินการ จัดทำ “ข้อตกลงว่าด้วยการประสานความร่วมมือด้านการพัฒนาและรับรองคุณภาพสถานบำบัดรักษายาเสพติดทุกระบบ โดยมีการลงนาม ระหว่างปลัดกระทรวงสาธารณสุข อธิบดีกรมการแพทย์ อธิบดีกรมสุขภาพจิต อธิบดีกรมคุมประพฤติ อธิบดีกรมพินิจและคุ้มครองเด็กและเยาวชน อธิบดีกรมราชทัณฑ์ ผู้อำนวยการสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ เลขาธิการคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามยาเสพติด ผู้อำนวยการสถาบันพัฒนาและรับรองคุณภาพโรงพยาบาล (พรพ.) เมื่อวันศุกร์ที่ 6 มิถุนายน 2551

พ.ศ. 2551 พัฒนาและอบรม หลักสูตร “พยาบาลเฉพาะทางสาขาการพยาบาลผู้ใช้ยาและสารเสพติด” เป็นหลักสูตร 4 เดือน เพื่อพัฒนาศักยภาพของพยาบาลวิชาชีพให้มีความสามารถปฏิบัติตาม การพยาบาลแบบองค์รวม เพื่อส่งเสริมสุขภาพ ป้องกันการใช้ยาและสารเสพติด ในเด็ก เยาวชนและบุคคลทั่วไป บำบัดรักษา และฟื้นฟูสมรรถภาพผู้ที่มี ปัญหาด้านยาและสารเสพติด

พ.ศ. 2551 ได้ทำการปรับปรุงอาคารอำนวยการหลังเดิม และตั้งชื่ออาคารนี้ว่า “อาคารประยูร นรการผดุง” เพื่อเป็นเกียรติประวัติแก่นายแพทย์ประยูร นรการผดุง ผู้อำนวยการคนแรกของโรงพยาบาลธัญญารักษ์ และใช้เป็นสำนักงานของกลุ่มภารกิจภายนอกในการประสานงานนโยบายและยุทธศาสตร์และการพัฒนาและรับรองคุณภาพสถานพยาบาลยาเสพติด

ในทศวรรษนี้ สถาบันธัญญารักษ์ได้ดำเนินการพัฒนาและถ่ายทอดองค์ความรู้ ศึกษา วิเคราะห์ วิจัย พัฒนารูปแบบการบำบัดรักษาผู้ป่วยยาเสพติดที่มีประสิทธิภาพ ประสานความร่วมมือทุกภาคส่วนในการดำเนินงานให้ทันกับสถานการณ์ยาเสพติด ได้มีกระบวนการพัฒนาคุณภาพอย่างต่อเนื่อง และพัฒนาขีดความสามารถในการให้บริการ ดูแลด้านบำบัดรักษาและฟื้นฟูสมรรถภาพผู้ป่วยยาเสพติด เพื่อคืนคนดีสู่สังคม